alvinalexander.com | career | drupal | java | mac | mysql | perl | scala | uml | unix  

Scala example source code file (knucleotide-input2500.txt)

This example Scala source code file (knucleotide-input2500.txt) is included in the DevDaily.com "Java Source Code Warehouse" project. The intent of this project is to help you "Learn Java by Example" TM.

Java - Scala tags/keywords

aaaaatacaaaaattagccgggcgtggtggcgcgcgcctgtaatcccagctactcgggag, agttcgagaccagcctggccaacatggtgaaaccccgtctctactaaaaatacaaaaatt, cagcactttgggaggccgaggcgggcggatcacctgaggtcaggagttcgagaccagcct, cgggcgtggtggcgcgcgcctgtaatcccagctactcgggaggctgaggcaggagaatcg, ctttgggaggccgaggcgggcggatcacctgaggtcaggagttcgagaccagcctggcca, ggcaggagaatcgcttgaacccgggaggcggaggttgcagtgagccgagatcgcgccact, ggcgcggtggctcacgcctgtaatcccagcactttgggaggccgaggcgggcggatcacc, ggctcacgcctgtaatcccagcactttgggaggccgaggcgggcggatcacctgaggtca, gtgaaaccccgtctctacta, homo, homo, ntactmcsmtytcmgrtacttctwbacgaaatatagscdtttgaagacacatagtvgygt, rrtsaattamtagaaaastcgvgrttsvascagtgdtttatcatcatacrcatatdctta, tcacctgaggtcaggagttcgagaccagcctggccaacatggtgaaaccccgtctctact

The Scala knucleotide-input2500.txt source code

>ONE Homo sapiens alu
GGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGA
TCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACT
AAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAG
GCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCG
CCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGT
GGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCA
GGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAA
TTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAG
AATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCA
GCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGT
AATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACC
AGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTG
GTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACC
CGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAG
AGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTT
TGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACA
TGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCT
GTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGG
TTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGT
CTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGG
CGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCG
TCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTA
CTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCG
AGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCG
GGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACC
TGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAA
TACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGA
GGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACT
GCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTC
ACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGT
TCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGC
CGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCG
CTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTG
GGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCC
CAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCT
GGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGC
GCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGA
GGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGA
GACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGA
GGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTG
AAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAAT
CCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCA
GTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAA
AAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGC
GGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCT
ACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGG
GAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATC
GCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGC
GGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGG
TCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAA
AAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAG
GAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACT
CCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCC
TGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAG
ACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGC
GTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGA
ACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGA
CAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCA
CTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCA
ACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCG
CCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGG
AGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTC
CGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCG
AGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACC
CCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAG
CTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAG
CCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGG
CCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATC
ACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAA
AAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGC
TGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCC
ACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGG
CTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGG
AGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATT
AGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAA
TCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGC
CTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAA
TCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAG
CCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGT
GGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCG
GGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAG
CGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTG
GGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATG
GTGAAACCCCGTCTCTACTA
>TWO IUB ambiguity codes
cttBtatcatatgctaKggNcataaaSatgtaaaDcDRtBggDtctttataattcBgtcg
tactDtDagcctatttSVHtHttKtgtHMaSattgWaHKHttttagacatWatgtRgaaa
NtactMcSMtYtcMgRtacttctWBacgaaatatagScDtttgaagacacatagtVgYgt
cattHWtMMWcStgttaggKtSgaYaaccWStcgBttgcgaMttBYatcWtgacaYcaga
gtaBDtRacttttcWatMttDBcatWtatcttactaBgaYtcttgttttttttYaaScYa
HgtgttNtSatcMtcVaaaStccRcctDaataataStcYtRDSaMtDttgttSagtRRca
tttHatSttMtWgtcgtatSSagactYaaattcaMtWatttaSgYttaRgKaRtccactt
tattRggaMcDaWaWagttttgacatgttctacaaaRaatataataaMttcgDacgaSSt
acaStYRctVaNMtMgtaggcKatcttttattaaaaagVWaHKYagtttttatttaacct
tacgtVtcVaattVMBcttaMtttaStgacttagattWWacVtgWYagWVRctDattBYt
gtttaagaagattattgacVatMaacattVctgtBSgaVtgWWggaKHaatKWcBScSWa
accRVacacaaactaccScattRatatKVtactatatttHttaagtttSKtRtacaaagt
RDttcaaaaWgcacatWaDgtDKacgaacaattacaRNWaatHtttStgttattaaMtgt
tgDcgtMgcatBtgcttcgcgaDWgagctgcgaggggVtaaScNatttacttaatgacag
cccccacatYScaMgtaggtYaNgttctgaMaacNaMRaacaaacaKctacatagYWctg
ttWaaataaaataRattagHacacaagcgKatacBttRttaagtatttccgatctHSaat
actcNttMaagtattMtgRtgaMgcataatHcMtaBSaRattagttgatHtMttaaKagg
YtaaBataSaVatactWtataVWgKgttaaaacagtgcgRatatacatVtHRtVYataSa
KtWaStVcNKHKttactatccctcatgWHatWaRcttactaggatctataDtDHBttata
aaaHgtacVtagaYttYaKcctattcttcttaataNDaaggaaaDYgcggctaaWSctBa
aNtgctggMBaKctaMVKagBaactaWaDaMaccYVtNtaHtVWtKgRtcaaNtYaNacg
gtttNattgVtttctgtBaWgtaattcaagtcaVWtactNggattctttaYtaaagccgc
tcttagHVggaYtgtNcDaVagctctctKgacgtatagYcctRYHDtgBattDaaDgccK
tcHaaStttMcctagtattgcRgWBaVatHaaaataYtgtttagMDMRtaataaggatMt
ttctWgtNtgtgaaaaMaatatRtttMtDgHHtgtcattttcWattRSHcVagaagtacg
ggtaKVattKYagactNaatgtttgKMMgYNtcccgSKttctaStatatNVataYHgtNa
BKRgNacaactgatttcctttaNcgatttctctataScaHtataRagtcRVttacDSDtt
aRtSatacHgtSKacYagttMHtWataggatgactNtatSaNctataVtttRNKtgRacc
tttYtatgttactttttcctttaaacatacaHactMacacggtWataMtBVacRaSaatc
cgtaBVttccagccBcttaRKtgtgcctttttRtgtcagcRttKtaaacKtaaatctcac
aattgcaNtSBaaccgggttattaaBcKatDagttactcttcattVtttHaaggctKKga
tacatcBggScagtVcacattttgaHaDSgHatRMaHWggtatatRgccDttcgtatcga
aacaHtaagttaRatgaVacttagattVKtaaYttaaatcaNatccRttRRaMScNaaaD
gttVHWgtcHaaHgacVaWtgttScactaagSgttatcttagggDtaccagWattWtRtg
ttHWHacgattBtgVcaYatcggttgagKcWtKKcaVtgaYgWctgYggVctgtHgaNcV
taBtWaaYatcDRaaRtSctgaHaYRttagatMatgcatttNattaDttaattgttctaa
ccctcccctagaWBtttHtBccttagaVaatMcBHagaVcWcagBVttcBtaYMccagat
gaaaaHctctaacgttagNWRtcggattNatcRaNHttcagtKttttgWatWttcSaNgg
gaWtactKKMaacatKatacNattgctWtatctaVgagctatgtRaHtYcWcttagccaa
tYttWttaWSSttaHcaaaaagVacVgtaVaRMgattaVcDactttcHHggHRtgNcctt
tYatcatKgctcctctatVcaaaaKaaaagtatatctgMtWtaaaacaStttMtcgactt
taSatcgDataaactaaacaagtaaVctaggaSccaatMVtaaSKNVattttgHccatca
cBVctgcaVatVttRtactgtVcaattHgtaaattaaattttYtatattaaRSgYtgBag
aHSBDgtagcacRHtYcBgtcacttacactaYcgctWtattgSHtSatcataaatataHt
cgtYaaMNgBaatttaRgaMaatatttBtttaaaHHKaatctgatWatYaacttMctctt
ttVctagctDaaagtaVaKaKRtaacBgtatccaaccactHHaagaagaaggaNaaatBW
attccgStaMSaMatBttgcatgRSacgttVVtaaDMtcSgVatWcaSatcttttVatag
ttactttacgatcaccNtaDVgSRcgVcgtgaacgaNtaNatatagtHtMgtHcMtagaa
attBgtataRaaaacaYKgtRccYtatgaagtaataKgtaaMttgaaRVatgcagaKStc
tHNaaatctBBtcttaYaBWHgtVtgacagcaRcataWctcaBcYacYgatDgtDHccta
aagacYRcaggattHaYgtKtaatgcVcaataMYacccatatcacgWDBtgaatcBaata
cKcttRaRtgatgaBDacggtaattaaYtataStgVHDtDctgactcaaatKtacaatgc
gYatBtRaDatHaactgtttatatDttttaaaKVccYcaaccNcBcgHaaVcattHctcg
attaaatBtatgcaaaaatYMctSactHatacgaWacattacMBgHttcgaatVaaaaca
BatatVtctgaaaaWtctRacgBMaatSgRgtgtcgactatcRtattaScctaStagKga
DcWgtYtDDWKRgRtHatRtggtcgaHgggcgtattaMgtcagccaBggWVcWctVaaat
tcgNaatcKWagcNaHtgaaaSaaagctcYctttRVtaaaatNtataaccKtaRgtttaM
tgtKaBtRtNaggaSattHatatWactcagtgtactaKctatttgRYYatKatgtccgtR
tttttatttaatatVgKtttgtatgtNtataRatWYNgtRtHggtaaKaYtKSDcatcKg
taaYatcSRctaVtSMWtVtRWHatttagataDtVggacagVcgKWagBgatBtaaagNc
aRtagcataBggactaacacRctKgttaatcctHgDgttKHHagttgttaatgHBtatHc
DaagtVaBaRccctVgtgDtacRHSctaagagcggWYaBtSaKtHBtaaactYacgNKBa
VYgtaacttagtVttcttaatgtBtatMtMtttaattaatBWccatRtttcatagVgMMt
agctStKctaMactacDNYgKYHgaWcgaHgagattacVgtttgtRaSttaWaVgataat
gtgtYtaStattattMtNgWtgttKaccaatagNYttattcgtatHcWtctaaaNVYKKt
tWtggcDtcgaagtNcagatacgcattaagaccWctgcagcttggNSgaNcHggatgtVt
catNtRaaBNcHVagagaaBtaaSggDaatWaatRccaVgggStctDaacataKttKatt
tggacYtattcSatcttagcaatgaVBMcttDattctYaaRgatgcattttNgVHtKcYR
aatRKctgtaaacRatVSagctgtWacBtKVatctgttttKcgtctaaDcaagtatcSat
aWVgcKKataWaYttcccSaatgaaaacccWgcRctWatNcWtBRttYaattataaNgac
acaatagtttVNtataNaYtaatRaVWKtBatKagtaatataDaNaaaaataMtaagaaS
tccBcaatNgaataWtHaNactgtcDtRcYaaVaaaaaDgtttRatctatgHtgttKtga
aNSgatactttcgagWaaatctKaaDaRttgtggKKagcDgataaattgSaacWaVtaNM
acKtcaDaaatttctRaaVcagNacaScRBatatctRatcctaNatWgRtcDcSaWSgtt
RtKaRtMtKaatgttBHcYaaBtgatSgaSWaScMgatNtctcctatttctYtatMatMt
RRtSaattaMtagaaaaStcgVgRttSVaScagtgDtttatcatcatacRcatatDctta
tcatVRtttataaHtattcYtcaaaatactttgVctagtaaYttagatagtSYacKaaac
gaaKtaaatagataatSatatgaaatSgKtaatVtttatcctgKHaatHattagaaccgt
YaaHactRcggSBNgtgctaaBagBttgtRttaaattYtVRaaaattgtaatVatttctc
ttcatgBcVgtgKgaHaaatattYatagWacNctgaaMcgaattStagWaSgtaaKagtt
ttaagaDgatKcctgtaHtcatggKttVDatcaaggtYcgccagNgtgcVttttagagat
gctaccacggggtNttttaSHaNtatNcctcatSaaVgtactgBHtagcaYggYVKNgta
KBcRttgaWatgaatVtagtcgattYgatgtaatttacDacSctgctaaaStttaWMagD
aaatcaVYctccgggcgaVtaaWtStaKMgDtttcaaMtVgBaatccagNaaatcYRMBg
gttWtaaScKttMWtYataRaDBMaDataatHBcacDaaKDactaMgagttDattaHatH
taYatDtattDcRNStgaatattSDttggtattaaNSYacttcDMgYgBatWtaMagact
VWttctttgYMaYaacRgHWaattgRtaagcattctMKVStatactacHVtatgatcBtV
NataaBttYtSttacKgggWgYDtgaVtYgatDaacattYgatggtRDaVDttNactaSa
MtgNttaacaaSaBStcDctaccacagacgcaHatMataWKYtaYattMcaMtgSttDag
cHacgatcaHttYaKHggagttccgatYcaatgatRaVRcaagatcagtatggScctata
ttaNtagcgacgtgKaaWaactSgagtMYtcttccaKtStaacggMtaagNttattatcg
tctaRcactctctDtaacWYtgaYaSaagaWtNtatttRacatgNaatgttattgWDDcN
aHcctgaaHacSgaataaRaataMHttatMtgaSDSKatatHHaNtacagtccaYatWtc
actaactatKDacSaStcggataHgYatagKtaatKagStaNgtatactatggRHacttg
tattatgtDVagDVaRctacMYattDgtttYgtctatggtKaRSttRccRtaaccttaga
gRatagSaaMaacgcaNtatgaaatcaRaagataatagatactcHaaYKBctccaagaRa
BaStNagataggcgaatgaMtagaatgtcaKttaaatgtaWcaBttaatRcggtgNcaca
aKtttScRtWtgcatagtttWYaagBttDKgcctttatMggNttattBtctagVtacata
aaYttacacaaRttcYtWttgHcaYYtaMgBaBatctNgcDtNttacgacDcgataaSat
YaSttWtcctatKaatgcagHaVaacgctgcatDtgttaSataaaaYSNttatagtaNYt
aDaaaNtggggacttaBggcHgcgtNtaaMcctggtVtaKcgNacNtatVaSWctWtgaW
cggNaBagctctgaYataMgaagatBSttctatacttgtgtKtaattttRagtDtacata
tatatgatNHVgBMtKtaKaNttDHaagatactHaccHtcatttaaagttVaMcNgHata
tKtaNtgYMccttatcaaNagctggacStttcNtggcaVtattactHaSttatgNMVatt
MMDtMactattattgWMSgtHBttStStgatatRaDaagattttctatMtaaaaaggtac
taaVttaSacNaatactgMttgacHaHRttgMacaaaatagttaatatWKRgacDgaRta
tatttattatcYttaWtgtBRtWatgHaaattHataagtVaDtWaVaWtgStcgtMSgaS
RgMKtaaataVacataatgtaSaatttagtcgaaHtaKaatgcacatcggRaggSKctDc
agtcSttcccStYtccRtctctYtcaaKcgagtaMttttcRaYDttgttatctaatcata
NctctgctatcaMatactataggDaHaaSttMtaDtcNatataattctMcStaaBYtaNa
gatgtaatHagagSttgWHVcttatKaYgDctcttggtgttMcRaVgSgggtagacaata
aDtaattSaDaNaHaBctattgNtaccaaRgaVtKNtaaYggHtaKKgHcatctWtctDt
ttctttggSDtNtaStagttataaacaattgcaBaBWggHgcaaaBtYgctaatgaaatW
cDcttHtcMtWWattBHatcatcaaatctKMagtDNatttWaBtHaaaNgMttaaStagt
tctctaatDtcRVaYttgttMtRtgtcaSaaYVgSWDRtaatagctcagDgcWWaaaBaa
RaBctgVgggNgDWStNaNBKcBctaaKtttDcttBaaggBttgaccatgaaaNgttttt
tttatctatgttataccaaDRaaSagtaVtDtcaWatBtacattaWacttaSgtattggD
gKaaatScaattacgWcagKHaaccaYcRcaRttaDttRtttHgaHVggcttBaRgtccc
tDatKaVtKtcRgYtaKttacgtatBtStaagcaattaagaRgBagSaattccSWYttta
ttVaataNctgHgttaaNBgcVYgtRtcccagWNaaaacaDNaBcaaaaRVtcWMgBagM
tttattacgDacttBtactatcattggaaatVccggttRttcatagttVYcatYaSHaHc
ttaaagcNWaHataaaRWtctVtRYtagHtaaaYMataHYtNBctNtKaatattStgaMc
BtRgctaKtgcScSttDgYatcVtggaaKtaagatWccHccgKYctaNNctacaWctttt
gcRtgtVcgaKttcMRHgctaHtVaataaDtatgKDcttatBtDttggNtacttttMtga
acRattaaNagaactcaaaBBVtcDtcgaStaDctgaaaSgttMaDtcgttcaccaaaag
>THREE Homo sapiens frequency
gtgctccttgcttagcttgtgaatgagactcagtagttaaataaatccatatctgcaatc
gattccacaggtattgtccactatctttgaactactctaagagatacaagcttagctgag
accgaggtgtatatgactacgctgatatctgtaaggtaccaatgcaggcaaagtatgcga
gaagctaataccggctgtttccagctttataagattaaaatttggctgtcctggcggcct
cagaattgttctatcgtaatcagttggttcattaattagctaagtacgaggtacaactta
tctgtcccagaacagctccacaagtttttttacagccgaaacccctgtgtgaatcttaat
atccaagcgcgttatctgattagagtttacaactcagtattttatcagtacgttttgttt
ccaacattacccggtatgacaaaatgacgccacgtgtcgaataatggtctgaccaatgta
ggaagtgaaaagataaatattgcctacacatactgaattcaggcaatgcgttttattcga
aaggtcatataactagaaaacatgatgaattcttatcggatccttttactagcatagtgt
tggcgaacacctcgtaatgctcagcggcaaattggactgcgggtccttatcatacatttt
ttttcaatataggcgattggtctaggttagtgattccccaacacttaaggtttgctgaca
ttcataccctcagcaacttcctctcaaaaattagagtgagttggtggtcttataagaccg
ttgattatttgaggtggtcaaatgatggtgcgatgcacaaatcgttataatcgtactctg
tagacaataacccattgtagtgccgattttgtgcataatacaagaaggaggatataaaaa
tgacttttcaataatattggctattagcaacaagaaggagaatcctcattaagttagcaa
ccgcagggggtactgcagtccaaggaggtttcattggagagagcagtatgaaaacggcaa
ttatgattgtgagattcgctgaagattgtgtctctgattttcctagatagaataagctat
agctacttaatcaactcttaactgtggagactatcctgatgatctgaataccccatttac
aaaattccatatcaatgaggctaacgcttaaatttcatttctccatcgtaacaaaaatca
gcctttttatacaagacaaaacactgcttccattacgggtagcaatggttgctcgactac
tggtagcgtcgtgatgtggtgataaagctgtcttgcgtttatacttaaacaaattttgac
ctgacataatggagcgacttatcggatgttgccgatctttagggtcatctattaagctta
tacgaaaaagggacaagcacgttacgtaatctggtaggactgggtacctagaaacgcaag
aggaggcgaactccaatatctgtaagaacagaaaaatacaggagtccttttcatttttca
agttaacaatataagtaggagcttagagaggcttgcatgaaaatcgttaggaattacaga
ataggcagagagtggggcgtgtagactacattcttcaggccccacaatatgggttatagg
ttaaactgcactttttgcgatctcccgaaatactgtcgttctctgcgaaccacgctcgtt
ccttttgctgtagtccacgttcatccaactattcagataaacaagatcgcagaattaaag
cttaaccatatcttgatagcccatcgtgtatggggcatgtatgtgcaaacaaaagacctc
aatcttgtctgcgagagggaggaaaatttagacaaacataattcattctttcgactggac
acgctaaggtttggacaaactttgtatctatatctggaggcctgtattccagcccttctt
ttaataagatttacggcttaaactatggatatttgccaggaaatgacactgctattgaca
ggaacataattttgattcaaacctcattgttaattattttatatctcctgtttttatatc
agaatgcttctgtcctagaaggcatactcaaggtgagggctcgaggaatgaatcataata
gaccggcccctattaatattggttcaattctttcttacataacgcggaatttgattgcac
gaacaccgggaacacataaccgtatagcgcccgttatgctagtgcctagcgactgggacc
gtggagtctatatcgtctttctaccattattaatctaaggatataccactttaagtcctt
tcaactaacataaggcgcattccatgcgctaaggaccttgaatttattatttcttacatg
ataaaagatcgagtcgacgggaacaaaaggctacgtactcaataaagtgcagtttactaa
gagccctttttctggcttgtggagactatcataacatgaagatgttttgacattcaatag
tttgcaaaacaaacttactttgtgtagtattgaacgagatctttccaattgccccatagc
aggaatagttatatattgcagatcgcggtgtaacgcactccaaatccatcgcggtgtgtg
agggtaagcgacttaaagaattacggtttttgatcaaagcacagtgagagttgagcaaat
tacagttatacgacttaattcagtctccataaattgaaacgacacttcttaacgggagga
ccagacacgttcattaagtgaggagtgcactttttgactttaaaaacatggtaatcaatt
taaaccacttgatatgtatatgaacagatttgaagttatttctgttttaatacactggga
gttctgtcaatatcgcaggaaccgcctgacgtcccctatcacacctcagagggtaaaggg
acaggggaaagggtaatcgaggggtagggaacgtagttggcacacccaatggacgaataa
atgctgccatatccacggagggcgggattgcggttgattttaaggcgatggtaacctgaa
tgtaatagatcatcaaatgcctcctccactggaaattactgcgtacatccgctgagaatt
gcaatggagtgtctcggtttttctttaaacaaaaccaaattgacaacttcatagtataat
ttttgcacattacaagcgttaattaacaaacttactttgctgttagctgcctatatttgt
ccgacaatataactggatatctctgcgagaactgtaaattaacggcacttggaacataat
agttcctattggtaacgacgttgtaggcggcaattatccggtggaagaattgacaactgc
agttgaactgcatgaaagtcaaatctctcgtaagtataactttagaagactccaaggtac
ccagaacctcttcagcggacacgatcgctatcaatcaataaggattattcactgaaaccg
ctcatatctggaggtggacgtttttcttcgaaaagcttgtcaaaggactcatcaaatttt
tggccgtgctaatcgacacacctgttattttcatgaccggataggacatctcgcggaaat
tcgggtaacagctgggtagatataggacctcccctacgtattaatgataagcctgtcata
actagcttggtttaccgaagagacaataaacattcgagcgctcgtgccaaactcggtgca
ttacgtttgaataaatcggtaacatgtactattactctgcctaacggcacttacccgttt
gggtccatggggtaaccgctcgatgttgacagaattatgctaaagtcgtttaagatcccg
attaccgaaaatctggttatgtctgagcattcgtacactgcgtattaagatcaggttgaa
caggttcctaacaaattttgtgacctaaagtgaaactaggtcgtactctgggcatgtttt
atgtcgtggcgtatgcatgtgctgacacttctaaaaccaaattaaggctttatccaatat
gggtccttaagtgctaaacatcattcacaatttcaagacagattgttggtcttgtcgatt
ccgcatctgtcgccaaattgacacatcgtaaaccaggtacatcggtaattatatgttgac
taaactaccgtgtgtattctggctctaggtacggcgaacaagtacgatgtgcttaagaag
ccctcaccccagacgagcccgcgtaggtcacatcagcagatcctaagtaattccgtttta
ttgtcctgagggagtaggatcgacgaactctacaagtcgctttgtcgtgccttataggct
atttcgggtcaatgtagcgtcaaatgaactattgtcatctgtacgagttaactaagtgtc
tatcgccaactaaaagacgtctcgatggttctttatgcggacctgtcatatcattgactg
gcacttgcttacatccaaataacacgtttgttagcggatagtcgttaagtgtgcgcaaga
tcatgaggcggggggggtaatatttcgccctctacatgataaatgaataagtaagaagat
gatctttttgtggcggtaccttaagcgtactcctgtcgacgagttactactaaaggaatg
tagggttctggatctatgaaaagcgacctccatatatatacgggcctaagcggagtaaaa
taagtgatcaatggactaacattgaaatgttagtattgtcgaccattgagggctggtaaa
tcttatttacgggcgtgggaaaacgaacgtgatatggtttagcatgggatgcaagcactc
gttaatgcttactttagttggttgcgggaacaacaggaggctatactaactggtagcgtt
cttgcttccattatgttattattataattaaaaataagacatatggtagagttgtagtca
gggtggatcgggttgtctataacgttggaataatcaaaactatcgttaacaaaaacgaaa
tttaagtcggtgcggtggaatgcgcctacctcatgtgcaccacacattcacagcacaccc
ctcattataggcaaggaagcaaacaaaaaaaagttaatcgaccgtatccgaccttaaatt
ttaaaataaatagaaacacttagcggtaatgaaaagataggactaaaattcactagtatc
ctggaacgaggcaacagagttatctagatggtaacgaggtgctgcatcaagatgtatgat
ttttggtccgctgtgtggaatacctctattgatatacaagtgactttctcggtaataacg
cacttcacaatgtgttgtttcttttctatgtattttgcaagagaaagaagcttagtatag
gtacacctcagagatgtttcgtgtaaatcgtatcacatggtataactgcaggaggaacat
tatccaaattcaccacaattactaatccacccttttacttttactaaagatatattaatt
ctcatgttgtctgaattgtataacccggtaccctgggagcgtatcgaaggataccaattg
aagtcctcgaggcatgttacaacacacgacttccttccgtctattcagacactcaacgag
actaacttttcctaggtaatcaatgatattgggtaactcgtggcatcttatagttattga
tccggctcttttgtagatcctgtgcgactcgtgcgctaattaagactggctctcttgcgc
aggggatacgtttattctacgtacccgatttggttactactaagcggcctttcttcaaac
ttgcagttgtgacttacattcctatttcttcaaagcagggaagggttacagggagagact
tattgagatacgattggaatttccatgtacaatcgttaatacgcttgtagaccagcaact
cagtatagagatccgtttcctaaagggtgagcggtaggggcaaggcaataagaaattact
aaaaccctagttgttaatataagaacgattcgaaacaataggattgcccaagggggtgcg
aacatggtgtaaatcaaagagaaataggcattgttaaaacccgcacgtttctagtacgca
agaggaacgtcggtaaccagttctcaaagatcctaacctaaaaggggcttattctacttt
ttccgacactcaatggacgagacaaacatgaacggatagctttaggtctcgttgaatgca
aagaatagaatcgttattattaatcggtttccattatctatatgcggtatagatctccga
gaggaccctgtaaactagctctgcggtttaactggtgctaatagaccgccactatgttat
tgcttctagctcctagcgtcttatcatgttatacattaatgtcgcatattggacagtagc
caggcttggatggatcgccgacaaaaagaaaagactttccctgtaaggacttaactatta
catataacttggatcattaatctgcaaattagagtaacggtctttcaccagcttcatatt
ccaacgtggcgctagtcgatatcccatgaagtttaaaactagaattggcagtctcacttc
acagtgcgtatctatacgacaaaagtggtcgatttgcataaatatcttatcgatattcag
gttattaccgattccttgctaacgctagaagtcacaccagagtaataataattccagaca
cctgtgaaataatcggtcactacggatagactagtaacgataatacgtatagtccataaa
agttgaattttaggggctaaagatattagcaatactggtctagcctaatcgtcgatagca
aagggctgtgaggatttctcctacattttcgaccaattgtatcgataggaatagttacag
tcacgcttgtagatgtaagagatgacgttattcttagggttcttaagtcggggggtaatt
taagaccactagtaaaggtagaggcgtacacagtaaacgatattttgaaatcgtcaaaaa
aaagtttacaacatcctttaagttagcaactgattttagtggcaaccttaacggttgaat
tgatctactaatacaggcctacaccgaagggtacagataatgattcttactaccctaaca
tgatagagtcctgtcctatctcataggtcgacattttaaattcgtaatgagcaacgaaga
tcgtttcccaatttgcaacattcacttatagacttcaggttatttcgtgctaacattaag
atagaatataatcagtcgttaagaaactattatccagctttcgtcaaccataaagattaa
aaactgaaacttggcaagatatgaatagctatcctgctttaaccgatcgtatgagatgct
ttgtagcaagaaaagtgactagcacttgtgtttagtaaagcgggagagtgcggtaattaa
tattaatatactattaagctacacagcaaaggctgcaataatgttagtaagtagaacata
aaggtattctccacaagtaataaatagtgtgagctaattgactaacttaactctcgcgac
aagtgatgtggataagatgactcatatcgtctttttctgtagtgccgacatcccacctgg
atcgaacaattccttctagttatcgactttgattacctatcctattaaacagatagggtt
gtaaagtcagaaaatgatcggcttgcgttggtctaccatagctagagttagaacgcgtag
atagaggccttttgttgccaacgtgggggtgggatgagtctgggcgagcgtgactttctt
tcgtgtccgaatttgtttaacatccattagattagatgtttgtgttttgggtctgatgtc
ctaactactttctcagtgaaactaatgtcatcatccaagtaaaatagtccgatgaagtct
ccgttttcggccgaagcttgtctataacgtatataaagtcgctgaatttagaacacacct
tatctatgttgtaaagttactttattccaaaggacgtgcacgaagcgtgagtgtgggaag
gaacttaaagtcggatcactcttgtcagtgtagataagaatttctttcatacttcactgg
aatccggcgtatggatatctctaccgcgtcatctggtggtgtctgcggtaaaaagtcttg
ctgcacgagtctgagaaatttttggtgccatcacatcgtaactgtacaacgaacaaatag
catcaggccttcttatccagcgtgaagtctaattatttcacaagctttcctaagtatgta
aatccctcacttaatgatgcttgcgccaatgaggatagaggacattgcatgtacgtagga
ctattctccaaggggtcttctattttgttagcgaaaattgttacagcctaatgttagagc
ggcgtacgactttataccagatactttcattagatatgcaaatatccaattaaatcatag
tagtatcgtggtatggacaatcaaaaaagacccgttgtgatatgatgtttttctagttcg
ttctcatatatatagatcaacaatgaataatctcatgatctataaccgatgtatatttat
attccggttgactgctccggtgcaattcactacggacactaatgactaatatggcgcctt
tcatcagaaacgctaaatatgattaatgaattaagggagtattatctaattattagagag
tagcagttagtctgatattttcggtgtatgtgttagccgttataatgctgtctttttatc
agtgagaacagggagtgtgtagtgttgtatgcttcactttatgactctggttatatccct
cggagaacaagaataagagtacgagaagttcggtcattgaggatgaaatagaaccgctag
acgaatggactcacgtttataaaactatgtatcacagtactacagctaactctgaagtcc
gagaagcttttgtaggacaaaacgttataagtacctttcgcagaatacggccgtgcatac
ctgttataaggcgtagtagggacaccatgctatccctcatatagagctacactaatacca
ttacatggtgactatcgtttacggccatcatctgtaagcgatcatgcctcgttagcatcc
gtacaatctcgcatggcgtcactgcagaaaaaccccgtgcggattttgagtcagaactat
tcgaagcttctcaatccttttccattatggcatagcaagtgacgactcgtcagccatggg
aataatagcactaatccgattacttatgaattagaacccacatgaatgtgattctgcgaa
ttgtctaagaatctaatgattttccggtgaatatggttgttgttatttattgaacttata
ttattaacatcacccttcgttagtgatagtcagctatttccaagaggttccccgagcatt
tttaccattctctagtcatacaagttggagcgcttttaaatctttaggctgatcaaggcg
ttttgtctagaattctgcagatgttagattcgtgtgcaatccctcttgcatgtcagtaac
aggtcacccgtttttcgttacatatgctggtaaaatattcatagtaataactacaatact
tgatttgttacgtaatgctcgtacataacacaatcgtattccacggaacagtaaagctct
attattctgatcgagcctaagagaggatcacactacgctattaaagtcacgttcacgaaa
tctcaaacctcaactgctggtgaccagttatagacagtgtaattccatattacatgtcag
gcttaagctaacccgagcctttatataagctataatcaagaattagattggagtgcattt
tagacttatctatcgaaatagtgatagtaagagtttatatgacctgatctagactgatgt
tctcttccacaacagccttaaggcgtggagcctttcttatactattaggtcgcgtcgaga
gccctattcgtaatgttaacgacactagactaatatacaatgagctaagaataacacaag
tcacaagataatttacaaatcatatatctacagtccacaaccatcactagcgattgcaaa
gcgttattggtactaccgctctaaatcggtatgtgcaagacgcgttaactggttcaagcc
tctcctgctcgtgagactgaaagaaatcgaaaatatggatgtgcctaattgttcttgtga
gtcatgtgcaactatacagtttagtttggtcaagactatgcaactattaacagcatgtgc
gcattgaatatttggtgtcgattgataaatgccccaacgttccatcacgtctataagccg
tgttactaatgtgtattagtgcatacctattcagaccatagttcaactgttggactgaag
gcccgtcttggggttcgtgaatgagagtgcagtttcttgtcttttccttaactgacctaa
atgaaggcaatcggtttatctagagtcatgcttaaggtgaatttcagccaatgggctccc
attgagctagtatggtgctttacctttgtaagtggtggctttccttggtgtgctgacttt
aacacggcagagtgattatccgaagaatggataataagacgctggcaatattggctaata
aagtccgatgagtttcaatcatgactgcgaggagatccatgcggtgtacctaaacctaca
tcgtatgtatttgctgacgttcattcttgatacataaagatccgatatcggtccactttg
tttaccaaaagccctaccttcgtaacgatggaaatgtgaatgagagtgaaatacacgatg
gggatattgccggtgagtacaagttagaccacacattagaactgacctatattcgtcatc
atagagatggagtatgaattgattctgcgaagtacactggctttacgagtatctagacgc
cgcggtatatctcccgtcaatactatgaaggtatatatatagaggctgaaaattcatgtt
caatcctctttctaagagtgagtgggagccccttctgttgtcggagtaaaaaggcattat
tcctcaaattgtcagaagcaaagtatacgtgatgtttgcttagaacaaaagagttacctt
agggtaggtaaatctcgattcaccgagagaagtgattttggcggtgtgcgattaattctt
ttgatgacagatctcattattttatatagctccctctttgtatttagagtttgcgtaggt
aacctggcaaaaccatatcccggggggagagtgcgctgaacattttatacgatgtgatta
ctcaaaggataaggttcgaggcctctatactcatggaactatcttataattataatggat
cgtggctcattccacctatccaaacttctttgtgatctgatgctacgagtgtgaacaaac
gtacatcttctaaggaatttgggacgtttcatagctcgcatttcattcctgaaaacttaa
atatttttaaaaattgattctactgcgaggaactaaggtgtagacaagcccttagtaacc
ggtggatgtcgcttcagttttatagcaaacattattcaatttcagtcttgactgaaatta
gtttgttagtgttagaggtccatatgtcacatgcatatggtctagatgccattgtacagt
aataccttagattagtattagcggcatgcgtacttggatttcacttgtaagaatgagctt
aggacggtcgcctgtagggctgcaaataggaatacttacaatttttgatgacttgttagc
atatcgctatcacccataaaaaacctgatacttgatgagcgggtgattgagactatgtac
tgatataattcaatagctccaatagatgaaacagctatgcgcctatttatgtcaaataat
cgatgtgatacaagcttagagctgaacgagcgcgagtggaattagcggtgatctctatcc
taaaaagccacgaaatcgatcccagaagctaatacccgaggtgtcaagcttgagttcagt
taaatttgcatctcatgccccacgaagaatgggtagagagtttgaaggtgcttctggatt
ttcctaagtacgtggtaaaaatttgatgtaaatgaacacctcctaatggttgtgttaacc
acaaacccctgggtgaatctgattagccaacccagtgatctgatttcagttgtcaaatct
cttttttataactaccttttgtttccataatttaaccggatctcataatgaacaaacggg
tagaataatggtagcacatagcgagcttgtctattcagaaatatggcctactcagaatgt
attctccaaatcagtgttatgcgaaacgtaattttacgtgtaataatgatgatttcttat
cggttccttgtactacaatactcttgcccaacaaatactaagcataacagcaaaattcga
atccccctccttttaataaatggtttttcaatatagccgattcgtattcgttagtctttc
accaactattaacctggcatctaattaataaaatcaccaaaggactctataatatgacag
tcacttcggcctcttttaagacagttgattattgcaggtccgcaattgatggtgacatgc
acaattagttagaatccgac

Other Scala examples (source code examples)

Here is a short list of links related to this Scala knucleotide-input2500.txt source code file:

... this post is sponsored by my books ...

#1 New Release!

FP Best Seller

 

new blog posts

 

Copyright 1998-2024 Alvin Alexander, alvinalexander.com
All Rights Reserved.

A percentage of advertising revenue from
pages under the /java/jwarehouse URI on this website is
paid back to open source projects.